การศึกษาแสดงให้เห็นว่าพืชในลําไส้มีบทบาทสําคัญในการสร้างสิ่งกีดขวางในลําไส้ส่วนใหญ่รวมถึงด้านต่อไปนี้
(1) การสร้างกําแพงไบโอฟิล์ม
พืชทางสรีรวิทยาในลําไส้ปกติสามารถยึดติดกับเยื่อบุลําไส้เพื่อสร้างกําแพงไบโอฟิล์ม อุปสรรคไบโอฟิล์มในลําไส้สามารถสร้างอุปสรรคในการฆ่าเชื้อป้องกันแบคทีเรียที่เป็นอันตรายจากการสัมผัสเยื่อบุลําไส้ ในเวลาเดียวกันโปรไบโอติกบางชนิดยังสามารถผลิตสารต้านเชื้อแบคทีเรียเช่นแบคทีเรียและไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ นอกจากนี้แบคทีเรียในลําไส้บางชนิดยังสามารถเผาผลาญเพื่อผลิตกรดไขมันโซ่สั้นลดค่า pH ของลําไส้และยับยั้งการเจริญเติบโตและการสืบพันธุ์ของแบคทีเรียที่เป็นอันตราย ดังนั้นพืชในลําไส้จึงมีส่วนร่วมในการสร้างสิ่งกีดขวางในลําไส้แรก
(2) ส่งเสริมการก่อตัวของสิ่งกีดขวางเมือก
อุปสรรคเมือกของลําไส้ส่วนใหญ่ประกอบด้วย mucin และ immunoglobulin A หลั่งโดยเซลล์ goblet ลําไส้และเซลล์เยื่อบุผิว Mucins ผูกกับแบคทีเรียในลําไส้ป้องกันไม่ให้แบคทีเรียที่เป็นอันตรายผูกพันกับเยื่อบุผิวในลําไส้ อิมมูโนโกลบูลิน A มีกิจกรรมแอนติบอดีต่อไวรัสแบคทีเรียและแอนติเจนทั่วไปบางชนิด มันเป็นอุปสรรคสําคัญของเยื่อบุลําไส้และบรรทัดแรกของการป้องกันเพื่อป้องกันไม่ให้เชื้อโรคบุกรุกร่างกาย การศึกษาพบว่าพืชในลําไส้ปกติสามารถกระตุ้นเซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้เพื่อหลั่ง mucin และ immunoglobulin A, และส่งเสริมการก่อตัวของอุปสรรคเมือก.
(3) มีผลต่อการก่อตัวของชั้นเซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้
เซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้แตกต่างจากเซลล์ต้นกําเนิด pluripotent ในห้องใต้ดิน การศึกษาพบว่าพืชปกติในลําไส้สามารถส่งผลกระทบต่อความแตกต่างของเซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้ ตัวอย่างเช่น Clostridium butyricum และสารเมตาบอลิซึมสามารถส่งเสริมการแพร่กระจายของเซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้ ในเวลาเดียวกันมีจุดเชื่อมต่อที่แน่นระหว่างเซลล์เยื่อบุผิวในลําไส้ซึ่งสามารถป้องกันการบุกรุกของสารที่เป็นอันตรายในลําไส้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ จุลินทรีย์ในลําไส้สามารถมีอิทธิพลต่อการแสดงออกของโปรตีนแยกแน่นจึงมีผลต่อความสมบูรณ์ของอุปสรรคในลําไส้
(4)มีผลต่อการทํางานของอุปสรรคภูมิคุ้มกันในลําไส้
อุปสรรคภูมิคุ้มกันในลําไส้ประกอบด้วยเนื้อเยื่อต่อมน้ําเหลืองในลําไส้และภูมิคุ้มกันหลั่งในลําไส้ อุปสรรคภูมิคุ้มกันสามารถกระตุ้นการหลั่งของเมือกในลําไส้และเร่งการไหลของชั้นเมือกจึงป้องกันการยึดเกาะของแบคทีเรียและการล่าอาณานิคม การศึกษาพบว่าการปรากฏตัวของพืชในลําไส้ปกติเป็นกุญแจสําคัญในการพัฒนาระบบน้ําเหลืองในลําไส้ หลังจากพืชในลําไส้ถูกฆ่าด้วยยาปฏิชีวนะน้ําเหลืองในลําไส้ไม่สามารถพัฒนาได้ตามปกติและอ่อนแอและภูมิคุ้มกันอ่อนแอลง! โปรไบโอติกเช่น Clostridium butyricum สามารถเปิดใช้งานระบบภูมิคุ้มกัน. การแสดงออกของเซลล์และอิมมูโนโกลบูลินมีบทบาทสําคัญในการปรับปรุงการทํางานของสิ่งกีดขวางภูมิคุ้มกันของเยื่อบุลําไส้